Das Kloster San Francisco, das in der ersten Hälfte des vierzehnten Jahrhunderts errichtet wurde, besitzt eine Kirche namens San Francisco de Oporto.

Die Struktur ist aus Granit und verbindet gotische und romanische Merkmale. Der barocke Säulengang wurde zwischen dem 17. und 18. Jahrhundert errichtet.

Die Feindschaft, die der damalige Bischof von Porto, Dom Pedro Salvadores, dem Franziskanerorden jahrelang entgegenbrachte und sogar so weit ging, ihn aus der Stadt zu verbannen, machte es den Franziskanern sehr schwer, sich nach ihrer Ankunft im Jahr 1233 in der Stadt niederzulassen. Dank des Eingreifens von Papst Innozenz V., der mit der Bulle Doelentis accepimus die Hoheit des Franziskanerordens über den Besitz bestätigte, erhielten die Franziskaner 1245 die Erlaubnis, die erste Kirche des Klosters San Francisco zu errichten. Der Bau der heutigen Kirche begann 1383 und wurde 1410 mit großer öffentlicher Unterstützung abgeschlossen.

Dank der Beiträge der portugiesischen Familien, die über einen Zeitraum von etwa 160 Jahren zwischen dem 16. und 17. Jahrhundert ihre Pantheons in der Kirche errichteten, wurde das Innere der Kirche von portugiesischen Bildhauern mit Holz verkleidet, wodurch sie ihr heutiges Aussehen erhielt.

Das unsichere politische Klima im Land während des 19. Jahrhunderts verursachte erhebliche Schäden an der Kirche. Im Jahr 1809, als die napoleonischen Truppen Portugal besetzten, wurde das Gebäude als Pferdestall genutzt, was zu Schäden an mehreren Altarbildern und anderen dekorativen Elementen wie Säulen führte. Während des portugiesischen Bürgerkriegs (1828-1834) wurde das Kloster zerstört, so dass nur noch die Kirche übrig blieb. Die Mitglieder des Franziskanerordens wurden durch ein Dekret von König Pedro IV. nach dem Ende des Krieges aus dem Land verbannt, weil sie sich auf die Seite von König Miguel I., dem Rivalen Pedros IV. Der ursprüngliche Standort des Klosters wurde für den Bau des heutigen Palacio de la Bolsa genutzt.

Im Jahr 1910 wurde es zum Nationaldenkmal erklärt. Als die Kirche 1996 in die Liste des Weltkulturerbes aufgenommen wurde, war sie Teil des monumentalen Ensembles der Altstadt von Porto (Portugal).

Als herausragendes Beispiel für die gotische Architektur in Porto hat die Kirche seit 1410 keine wesentlichen Veränderungen erfahren.

Die neu errichtete Kirche mit drei Schiffen in fünf Jochen, einem vorspringenden Querschiff und einem dreiteiligen Chor mit Strebepfeilern vergrößerte die Größe des Vorgängerbaus erheblich. Sie wurde 1410 fertiggestellt. Zwei gestaffelte Strebepfeiler verstärken die Hauptfassade (dieselbe Lösung wird für die Verstärkung des Querschiffs, der Apsis und der Apsiden verwendet).

Das gewählte planimetrische Modell ist mit dem vergleichbar, das seit der Mendikantengotik des 12. Jahrhunderts in zahlreichen portugiesischen Kirchen erfolgreich eingesetzt wurde. Das Vorhandensein von Tränenmotiven mit kugelförmigen Verzierungen im oberen Teil der Hauptkapelle, die galizische Einflüsse aufweisen, ist ein wichtiges regionales Merkmal.

Eine zwölfteilige Fensterrose ist an der Hauptfassade durch radiale Säulen, die durch Bögen verbunden sind, in zwölf Abschnitte unterteilt. Der barocke Altaraufsatz für das Frontispiz des Portals wurde im 18. Es besteht aus zwei Ebenen, von denen die erste von salomonischen Zwillingssäulen flankiert wird und die zweite eine Nische mit dem Bildnis des Heiligen Franziskus enthält und von Kragsteinen und salomonischen Säulen umgeben ist.

Ein Gesims ruht auf Kragsteinen entlang der Südfassade, die dem Fluss Duero zugewandt ist. An dieser Fassade befindet sich ein relativ schlichtes Portal mit drei Spitzbogenfenstern. Reliefs im Mudéjar-Stil schmücken die inneren Gesimse. Über dem Portal befindet sich ein mit einem Pentagramm verzierter Giebel.

Ein weiteres Pentagramm befindet sich an der hinteren Fassade über dem Altar und wird von einer kleinen Rosette mit Maßwerk umrahmt.

Die heutige Kirche besteht aus drei Schiffen mit jeweils fünf Jochen. Das Mittelschiff ist höher als die Seitenschiffe und weist eine hölzerne Kassettendecke mit Giebeldesign auf. Die zehn spitzbogigen Joche, aus denen die Kirchenschiffe bestehen, werden von Kreuzsäulen mit zoomorphen und phytomorphen Kapitellen getragen; vier dieser Säulen begrenzen den Chorraum. Wie bereits angedeutet, ist der Chor dreiteilig, und das Querschiff ist ausladend und reichlich beleuchtet. Die massiven Strebepfeiler, die den Hochaltar umgeben, sind tiefer. Nur das Fenster an der Südseite des Querschiffs erhält Licht, da das Fenster an der Nordseite beim Bau des Palacio de la Bolsa verdeckt wurde. Die Deckenverkleidung des Mittelschiffs und des Querschiffs wurde 1732 angebracht.

Eine Statue des Heiligen Franz von Assisi aus dem 13. Jahrhundert ist das einzige Kunstwerk, das von der ursprünglichen Kirche erhalten geblieben ist. Eines der frühesten erhaltenen Wandgemälde des Landes, das Antonio Florentim zugeschrieben wird, wurde während der Herrschaft von D. Juan I. gemalt und stellt die Muttergottes der Rose dar. Ein Altaraufsatz aus dem Jahr 1740 rahmt die Gruppe ein.

Die Kapelle Unserer Lieben Frau von der Empfängnis, auch bekannt als der Baum von Jesse, ist eine Schnitzarbeit von Antonio Gomes und Filipe da Silva, die sich an der linken Seite der Kirche befindet. Es handelt sich um eine Überarbeitung eines früheren Werks, das zwischen 1718 und 1721 entstand. Die Statuen, die der Bildhauer Manuel Carneiro Ado aus Bracarense 1719 schuf, sind die bemerkenswertesten des früheren Werks. Es handelt sich um einen mehrfarbigen Stich, der den Stammbaum Jesu zeigt, mit zwölf Königen aus Juda, die durch die Zweige des Baumes mit dem liegenden Körper Isais verbunden sind. Joseph befindet sich unter einem Bild der Jungfrau und des Kindes in der Spitze des Baumes. Die Statuen des Heiligen Joachim und der Heiligen Anna, Marias Vater und Mutter, sowie vier franziskanische Ärzte, die über die Unbefleckte Empfängnis schrieben, befinden sich in den Nischen, die das Ensemble umgeben.

Der portugiesische Johanniterbarock erreichte seinen Höhepunkt in den 1750er Jahren, und in der Kathedrale sind Werke aus dieser Epoche mit Rokoko-Einflüssen zu sehen. Das Altarbild der Verkündigung und das Altarbild zu Ehren der marokkanischen franziskanischen Märtyrer-Heiligen sind zwei Beispiele dafür. José Teixeira Guimares und Francisco Pereira Campanha waren zwischen 1760 und 1773 für die Hinzufügung neuer Elemente in der Kirche verantwortlich. Zu diesen Altarbildern gehören die der Jungfrau der Einsamkeit, der Jungfrau der Verkündigung und des Heiligen Johannes des Täufers in der Kapelle Carneiros im Querschiff.

Das Sekretariat und das Büro des Ordens in Porto befanden sich unter den Katakomben der Kirche San Francisco, die zwischen 1746 und 1749 unter dem zur Kirche gehörenden Haus errichtet wurden. Nach der ersten Bauphase kamen zwei weitere hinzu. Im Jahr 1795 fügten die Architekten Antonio Pinto Miranda und Vicente Mazzonneschi einen Unterbau unter der Kirche hinzu. Der Boden unter der Kirche San Antonio wurde durch den zweiten Anbau, der 1802 fertiggestellt wurde, überdeckt.

Die Patrone des Ordens in Porto und ihre Familien wurden hier zwischen 1749 und 1866 beigesetzt. Auf der Grundlage des Gesetzes über die öffentliche Gesundheit von Minister Costa Cabral wurden die Bestattungen 1866 eingestellt. Die Gräber auf dem Friedhof gehörten allen Brüdern, mit Ausnahme der ältesten Brüder, gemäß dem Statut von 1751. Die Brüder wurden ab 1866 in einem separaten Bereich des städtischen Friedhofs von Agramonte beigesetzt.