Die heutige Alcazaba ist das Ergebnis von vier Phasen: der andalusischen Epoche vom 10. bis zum 15. Jahrhundert, der Reconquista Ende des 15. Jahrhunderts, dem 18. Jahrhundert, der Aufgabe der militärischen Struktur und dem Verfall vom 19. bis zum Beginn des 20. Jahrhunderts und der Wiederherstellung als kunsthistorisches Denkmal in den 1930er Jahren bis heute.

Muslimische Historiker behaupten, dass Badis ben Habs, der Berberkönig von Taifa, die Alcazaba mit Marmor, Säulen und Statuen aus dem nahe gelegenen römischen Theater errichten ließ. Andere Forscher sind anderer Meinung, da es Beweise dafür gibt, dass die phönizische Stadtmauer nicht neu gebaut, sondern renoviert wurde. Vor Ben Habs nutzte die Hammudiden-Dynastie, die letzten Kalifen von Córdoba und Monarchen der Taifa von Málaga, die Alcazaba als prächtigen Palast.

Die Almoraviden und Almohaden eroberten sie 1092 und 1146. Im Jahr 1279 trat Mohammed II. Ben al-Ahmar sie an das Nasriden-Königreich von Granada ab.

Ferdinand der Katholik stürmte die Burg von Hamet el-Zegr und seinen Golems in Málaga, nachdem er El Zagal in Velez erobert hatte. Die Alcazaba war zu dieser Zeit eine nasridische Festung. Die Belagerung begann am 5. Mai 1487 mit 3.000 Gomeres und 8.000 bewaffneten Männern des nasridischen Heeres. Ali Dordux gab die Alcazaba am 18. August auf, nachdem er zum Mudéjar geworden war, während El Zegr und Ali Derbal den Alcazar von Gibralfaro noch zwei Tage lang anführten, bis sie vor Hunger und Durst starben. Die Katholischen Könige trafen am 19. August ein und hissten das Kreuz und die kastilische Flagge auf dem Bergfried der Alcazaba. König Ferdinand schenkte Málaga eine Schnitzerei der Jungfrau des Sieges, der Schutzpatronin der Stadt. Der spanische Monarch erhielt die Statue vom römischen Kaiser Maximilian I.

Das Erdbeben von 1680 und die Bombardierung im Neunjährigen Krieg durch neun französische Schiffe aus der Bucht von Málaga im Jahr 1693 beschleunigten den Verfall der Zitadelle. Nach 1675 verfiel die Zitadelle immer mehr. Zwischen 1733 und 1735 gestattete der Gouverneur von Alcazaba, Francisco Antonio de Unzaga Amézaga y Aperribay, den Bürgern die Teilnahme an der Messe in der Kapelle und Moschee des Oratoriums von San Gabriel de la Alcazaba. Der Gouverneur bat den König um die Erlaubnis, diese Kapelle in der Calle del Zagal in der Nähe des römischen Theaters, das bei den Erdbeben von 1693 stark zerstört worden war, wiederherzustellen.

Der Staatssekretär Manuel Godoy errichtete dort das Königliche Krankenhaus San Luis, nachdem 479 Franzosen während des Roussillon-Krieges im Jahr 1794 dort gefangen gehalten wurden. Die Außenmauern und ein Teil der inneren Umfriedung wurden zum Bau eines Bauernhauses verwendet. Die Restaurierung begann in den 1930er Jahren.