Als Gaudí am 3. November 1883 den Bau übernahm, änderte er die Säulen und fügte Kapitelle mit naturalistischen Motiven hinzu. Außerdem erhöhte er das Gewölbe und umgab die Krypta mit einem Graben, um eine direkte Belichtung und Belüftung zu gewährleisten. Außerdem verlegte er den Hochaltar von seinem ursprünglichen Standort an der Haupttreppe in die Mitte des Querschiffs, sodass der Raum frei blieb und zwei Wendeltreppen an den Seiten angebracht wurden. Gaudís erste Pläne für die Sagrada Família betrafen die Kapelle des Heiligen Joseph, die zwischen 1884 und 1885, dem Jahr, in dem die erste Messe gefeiert wurde, gebaut wurde. Die Arbeiten an der Krypta wurden bis 1891 abgeschlossen.

Die Krypta liegt 10 Meter unter dem Straßenniveau, hat eine halbrunde Form und misst 40 Meter in der Länge und 30 Meter in der Breite. Der Kreuzgang beherbergt sieben Kapellen, die der Heiligen Familie Jesu geweiht sind: der Heilige Josef, das Heiligste Herz, die Unbefleckte Empfängnis, der Heilige Joachim, die Heilige Anna, die Kapelle des Heiligen Johannes des Täufers und des Heiligen Johannes des Evangelisten sowie die Kapelle der Heiligen Elisabeth und des Heiligen Zacharias. Diese Kapellen sind kreisförmig angeordnet. Ihnen gegenüber befinden sich fünf weitere Kapellen in gerader Linie: die zentrale Kapelle, die der Sagrada Familia gewidmet ist und den Altar beherbergt, flankiert von den Kapellen Unserer Lieben Frau vom Berge Karmel, in der Gaudí begraben ist, von Jesus Christus, Unserer Lieben Frau von Montserrat und dem Heiligen Christus, in dem Josep Maria Bocabella zunächst begraben war, bis sein Grab 1936 geschändet wurde. Unter den Wendeltreppen an den Seiten befinden sich die entsprechenden Sakristeien.

Die Gewölbe der Krypta sind im gotischen Stil gehalten. Jedes der insgesamt 22 Gewölbe hat einen zentralen Schlussstein, der mit Anagrammen, Engelsfiguren und anderen Elementen verziert ist. Der zentrale Schlussstein des Gewölbes hebt sich durch ein polychromes Relief hervor, das die Verkündigung darstellt und ein Werk von Joan Flotats ist. Dieses zentrale Gewölbe ist das höchste und ragt zwei Meter über den Boden hinaus, auf Höhe des Presbyteriums, wo große Fenster die Krypta von oben betrachten lassen und Licht in den darunter liegenden Raum bringen. Die Gewölbe werden von Lünetten getragen, die auf Bögen ruhen, die von zehn Säulen getragen werden, die in Bündeln von kleinen Säulen angeordnet sind.