Das Kloster San Marcos ist neben der Kathedrale, der Basilika San Isidoro und der Casa Botines eines der großen architektonischen Juwelen der spanischen Stadt León. Heute wird es in einen spanischen Touristenparador umgewandelt, sowie in eine geweihte Kirche und früher in das Museum von León, das eines der wichtigsten Denkmäler der spanischen Renaissance ist.

Die Ursprünge dieses Gebäudes liegen im 12. Jahrhundert, als zur Zeit von Alfons VII. De León seine Schwester, die Infantin Sancha Raimúndez, im Juli 1152 eine Spende für den Bau eines bescheidenen Gebäudes am Rande der Stadt leistete ummauert und am Ufer des Flusses Bernesga, wo "die Armen Christi" bleiben konnten, und so zu einem Tempelkrankenhaus für Pilger wurden, die den Jakobsweg errichteten. Ebenso war das Gebäude die Hauptresidenz im Königreich León des Ordens von Santiago.

1176 wurde der erste Prior gewählt, und 1184 erhielt Pedro Fernández de Castro, der erste Meister des Ordens von Santiago, eine Beerdigung in seiner Kirche.

Im 16. Jahrhundert befand sich das mittelalterliche Gebäude in einem schlechten Zustand, so dass es abgerissen wurde und dank einer Spende von Ferdinand dem Katholiken im Jahr 1514 eine neue Arbeit durchgeführt wurde.

Die für diese Arbeit ernannten Architekten waren: Juan de Orozco (Kirche), Martín de Villarreal (Fassade) und Juan de Badajoz el Mozo (Kreuzgang und Sakristei). Erst in der Regierungszeit von Carlos I. begann die neue Arbeit.

Es ist bekannt, dass 1537 die Leinwand der Hauptfassade des Klosters vom Eingang zur Kirche aus gebaut wurde, die 1541 geweiht wurde.

In den folgenden Jahren baute Orozco die Skulpturen an der Fassade, der Chor wurde hergestellt, und 1549 beendete Juan de Badajoz die Sakristei, in der sich das Grab befindet, mit einer Gebetsstatue von Bischof Juan Quiñones de Guzmán, einem Werk Skulptur Esteban Jordán zugeschrieben.

Die Arbeiten wurden 1566 aufgrund der Verlegung der Gemeinde nach Calera und dann nach Mérida eingestellt, aber die Rückkehr der Brüder nach San Marcos im Jahr 1602 gab Impulse für die Fortsetzung der Arbeiten.

1615 wurde die Treppe gebaut und 1679 der noch fehlende Teil des Kreuzgangs fertiggestellt.

Schließlich wurde zwischen 1711 und 1715 eine große Erweiterung des Gebäudes durchgeführt, wobei eine weitere Leinwand angehoben wurde, die vom Haupteingang zum Fluss führt, bis sie im Palastturm endet. Diese neue Leinwand imitiert perfekt die im 16. Jahrhundert erbaute, mit kaum künstlerischem Unterschied zwischen den beiden Fassadenhälften.