Die Kirche der Heiligen Kathedrale Unserer Lieben Frau der Barmherzigkeit ist ein katholischer Tempel, Sitz der Diözese Huelva.

Es wurde 1605 als Kloster der mercedarischen Väter in der alten Eremitage von San Roque gegründet und diente als Kapelle des Provinzkrankenhauses und als Pfarrei, bis es am 15. März 1954 als Kathedrale geweiht wurde, als die Diözese Huelva aus der Erzdiözese Sevilla gegründet wurde .

Das Kloster von La Merced wurde zu dieser Zeit im Auftrag von Alonso Pérez de Guzmán, VII. Herzog von Medina Sidonia und Lord von Huelva erbaut. Die Kirche, heute die Kathedrale von Huelva, diente als Kapelle für die Dienste des Klosters Mercedarios Descalzos und wurde 1605 gegründet.

Die ursprüngliche Struktur dauerte kaum ein Jahrhundert, da die Ruine den Komplex bereits 1714 bedrohte und das Erdbeben von Lissabon von 1755 das Gebäude ernsthaft beeinträchtigte und die Kapelle von San Cayetano zerstörte. Trotzdem war das nächste Erdbeben im Jahr 1765 dasjenige, das die Kirche und das Kloster von La Merced ernsthaft beeinträchtigte und eine umfassende Reform erforderte. Ende des 18. Jahrhunderts wurde unter dem Projekt von Pedro de Silva, bereits im rein barocken Stil, der neue Tempel errichtet. Ambrosio de Figueroa war für die Arbeiten verantwortlich, und nach seinem Tod im Jahr 1775 setzte Francisco Díaz Pinto diese fort. Diese Reform, die dem gegenwärtigen Erscheinungsbild der Iglesia de la Merced entsprechen würde, dauerte bis weit ins 19. Jahrhundert.

Die Haupthindernisse bei der langen Reform der Kirche waren die napoleonische Invasion von Huelva im Jahr 1811, die Unterdrückung der Herrenhäuser im Jahr 1811 (da sie noch mit der Casa de Medina Sidonia verbunden war) und die Unterdrückung der männlichen Religionsgemeinschaften durch Minister Mendizábal im Jahre 1835.

Die Beschlagnahme von Mendizábal (1835), wie auch in anderen Gütern der Kirche in Spanien, führte dazu, dass das Kloster von La Merced in öffentliche Hände überging, in diesem Fall der Provinzrat. Dieses Gremium war für die Förderung der Wiederaufnahme der Arbeiten in La Merced zuständig.

Die Kirche blieb für Gottesdienste geöffnet und das Kloster diente ab 1844 als militärische Einrichtung.

Später, ab 1861, änderte das alte Kloster seine Nutzung und beherbergte ein Institut für Sekundarschulbildung und eine normale Lehrerschule.

Es beherbergte auch den Hauptsitz des Provinzrates und des Allgemeinen Technischen Instituts und diente als Provinzkrankenhaus, das 1957 eine dritte Etage für diesen Gesundheitsbereich errichtete.