Die Universität von Alcalá besteht aus drei Hauptstandorten, die ihr Wachstum und ihre akademische Diversifizierung widerspiegeln. Zwei davon befinden sich in der Stadt Alcalá de Henares selbst: einer im historischen Zentrum, der emblematische Gebäude des alten Universitätskomplexes aus der Renaissance beherbergt, und ein weiterer, modernerer Campus am Stadtrand, der als wissenschaftlich-technologischer Campus bekannt ist und sich auf Bereiche wie Ingenieurwesen, Biomedizin und experimentelle Wissenschaften spezialisiert hat. Der dritte Campus befindet sich in der Stadt Guadalajara und erweitert die Ausstrahlung der Universität auf regionaler Ebene.

Diese Multi-Campus-Struktur entspricht einer institutionellen Umstrukturierung, die vom Rat der Universität am 2. Oktober 2012 beschlossen und von der Regionalregierung von Madrid am 29. Oktober desselben Jahres offiziell genehmigt wurde. Mit diesem neuen Organisationsmodell ist die Universität von Alcalá in 9 Fakultäten und Schulen, 2 angegliederte Zentren, 23 akademische Abteilungen und 10 Forschungsinstitute unterteilt. Diese Aufteilung ermöglicht ein breit gefächertes Bildungsangebot, das von Geistes- und Sozialwissenschaften bis hin zu Technologie, Gesundheit und angewandter Forschung reicht und die Universität als akademische Referenz sowohl auf nationaler als auch auf internationaler Ebene festigt.