Kardinal Francisco Jiménez de Cisneros, ein ehemaliger Student des Estudio General de Alcalá, gründete die Universität Complutense (auch bekannt als Universität von Alcalá oder Cisneriana) im Jahr 1499 dank dreier Bullen von Papst Alexander VI. Der Name "Complutense" stammt von Complutum, dem römischen Namen für Alcalá de Henares, obwohl die genaue Etymologie umstritten ist.

Diese Bullen ermöglichten es Cisneros, die Universität rechtmäßig zu gründen, sie mit Mitteln auszustatten und ihren Abschlüssen offizielle Gültigkeit zu verleihen. Doch schon lange vor der päpstlichen Genehmigung hatte Cisneros mit dem Kauf von Grundstücken und dem Bau eines innovativen Universitätskomplexes begonnen, der als "Stadt Gottes" (Civitas Dei) konzipiert war und als erster von Grund auf geplanter Universitätscampus der Geschichte gilt.

Der Grundstein wurde 1501 gelegt, und der Unterricht begann 1508. Im akademischen Jahr 1509-1510 waren bereits fünf Fakultäten in Betrieb: Kunst und Philosophie, Theologie, Kirchenrecht, Schrifttum und Medizin. Cisneros erteilte der Institution Konstitutionen, die das Universitätsleben regelten und die Rechte und Pflichten der Mitglieder festlegten.

Cisneros' Projekt verfolgte drei grundlegende Ziele: die Ausbildung von Klerikern mit reformiertem Geist und tiefem spirituellem Gespür (religiös), die Vorbereitung hochqualifizierter Fachleute für Verwaltung und Regierung (politisch) und die Erneuerung der theologischen Lehre im Sinne des klassischen Humanismus (kulturell).

Die Universität hatte zwei oberste Organe: den Rektor, der vom Colegio Mayor de San Ildefonso gewählt wurde, und den Kanzler, ein Amt auf Lebenszeit, das vom Abt der Magisterialkirche ausgeübt wurde und die Befugnis hatte, akademische Grade zu verleihen. Diese beiden Ämter waren im Laufe der Jahrhunderte häufig Gegenstand von Spannungen.

Der Lehrplan umfasste neben dem Schwerpunkt Theologie auch Philosophie, Jura, Medizin, Grammatik, Rhetorik und biblische Sprachen. An der Theologischen Fakultät wurden die drei wichtigsten Strömungen des europäischen Denkens des 15. Jahrhunderts gelehrt - Scholastik, Nominalismus und Thomismus -, was die Universität zu einem Modell für eine christlich-humanistische Ausbildung von großer lehrmäßiger Breite und internationalem Ansehen machte.